Захар Прилепин повествует о истории любви в соловецком лагере, рассказанной ему его дедом, который был осужден в то далекое время.
Но по большей части, "Обитель"- роман о выживании людей в тяжелейших условиях. 
Отдельно раскрывается тема духовенства, заключенного в те лихие годы под стражу. Сам лагерь, организованный на месте Соловецкой обители рассматривается Захаром Прилепиным, едва ли не как чистилище. А может быть, именно, как чистилище. Нет ни плохих, ни хороших- всё размыто... Ситуация меняет человека, и не со всяким испытанием может он справиться. Не безграничны силы человеческие. Похоже, такова жизнь...